Dans de nombreux domaines de la biologie (arboriculture, sylviculture, botanique), il est nécessaire d'étudier différents types de variabilité au sein d'une population de plantes. Nous proposons, dans ce papier, une méthode de comparaison des plantes basée sur une comparaison détaillée de leur architecture. Cette méthode est une adaptation d'un algorithme de comparaison d'arborescences, proposé récemment par Zhang en informatique théorique. Cet algorithme nous permet de définir une distance entre deux plantes comme le coût de la transformation de l'une en l'autre (à l'aide d'opérations élémentaires d'édition). Cette méthode est illustrée dans trois domaines d'application et elle est comparée à d'autres méthodes de quantification de la ressemblance entre plantes