Déterminer les origines du SARS-CoV-2 est une des quêtes scientifiques parmi les plus fascinantes à l'heure actuelle. Habitué aux découvertes fracassantes de la physique (détection des ondes gravitationnelles, image d'un trou noir, boson de Higgs, etc.), le grand public n'a que rarement l'occasion d'être captivé par les découvertes de bio-informaticiens et autres spécialistes des sciences de l'évolution moléculaire. Or, enquêter sur l’origine de la COVID-19 repose en premier lieu sur une analyse minutieuse des génomes de souches virales collectées lors des premiers stades de ce qui n’était alors qu’une épidémie. Cette enquête met en jeu des outils bien connus dans le domaine de la bio-informatique avec, aux avant-postes, l’analyse phylogénétique. Cette dernière vise à retracer l’histoire évolutive de lignées virales en reconstituant, à partir de la modélisation mathématique, les évènements évolutifs qui ont abouti aux génomes des virus analysés. Nous verrons par la suite comment ce type d’analyse permet de répondre clairement à certaines questions liées aux origines du SARS-CoV-2.