Subgraph Epimorphisms: Theory and Application to Model Reductions in Systems Biology

Résumé : Cette th`ese d´eveloppe une m´ethode de morphismes de graphes et l’applique `a la r´eduction de mod`eles en biologie des syst`emes. Nous nous int´eressons au probl`eme suivant: l’ensemble des mod`eles en biologie des syst`emes est en expansion, mais aucune relation formelle entre les mod`eles de cet ensemble n’a ´et´e entreprise. Ainsi, la tˆache d’organisation des mod`eles existants, qui est essentielle pour le raffinement et le couplage de mod`eles, doit ˆetre effectu´ee par le mod´elisateur. En biomath´ematiques, les techniques de r´eduction de mod`ele sont ´etudi´ees depuis longtemps, mais ces techniques sont bien trop restrictives pour ˆetre appliqu´ees aux ´echelles requises en biologie des syst`emes. Nous proposons un cadre de r´eduction de mod`ele, bas´e uniquement sur des graphes, qui permet d’organiser les mod`eles en un ordre partiel. Les mod`eles de biologie des syst`emes seront repr´esent´es par leur graphe de r´eaction. Pour capturer le processus de r´eduction luimˆeme, nous ´etudierons un type particulier de morphismes de graphes: les ´epimorphismes de sous-graphe, qui permettent la fusion et l’effacement de sommets. Nous commencerons en analysant l’ordre partiel qui ´emerge des op´erations de fusion et d’effacement, puis nous d´evelopperons des outils th´eoriques pour r´esoudre les probl`emes calculatoires de notre m´ethode, et pour finir nous montrerons la faisabilit´e de l’approche et la pr´ecision du cadre “graphes de r´eactions/´epimorphismes de sous-graphe”, en utilisant un d´epˆot de mod`eles de biologie des syst`emes.
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Thèse
Programming Languages [cs.PL]. Université Paris Diderot, 2015. English
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Contributeur : Sylvain Soliman <>
Soumis le : mardi 1 décembre 2015 - 15:24:01
Dernière modification le : mercredi 14 décembre 2016 - 01:03:29
Document(s) archivé(s) le : samedi 29 avril 2017 - 03:03:23

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Steven Gay. Subgraph Epimorphisms: Theory and Application to Model Reductions in Systems Biology. Programming Languages [cs.PL]. Université Paris Diderot, 2015. English. 〈tel-01236291〉

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