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Conference papers
OpenAlea: An open-source platform for the integration of heterogeneous FSPM components
Samuel Dufour-Kowalski
1, 2
Christophe Pradal
1, 2
Nicolas Dones
3
Pierre Barbier de Reuille
2
Frédéric Boudon
1, 2
Jérôme Chopard
2, 1
David da Silva
2
Jean-Baptiste Durand
4
Pascal Ferraro
5
Christian Fournier
2, 6
Yann Guédon
1, 2
Aïda Ouangraoua
5
Colin Smith
7, 8
Szymon Stoma
2, 9
Frédéric Théveny
10
Hervé Sinoquet
3
Christophe Godin
1, 2
2
VIRTUAL PLANTS - Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée , INRA - Institut National de la Recherche Agronomique, UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
4
MISTIS - Modelling and Inference of Complex and Structured Stochastic Systems
Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LJK - Laboratoire Jean Kuntzmann, Grenoble INP - Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology
Samuel Dufour-Kowalski 1, 2
Mail : Site :
Author
Christophe Pradal 1, 2
Mail :
Author Employer institution : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement IdHAL : christophe-pradal ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2555-761X
Nicolas Dones 3
Author
Pierre Barbier de Reuille 2
Author
Frédéric Boudon 1, 2
Mail :
Author Employer institution : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jérôme Chopard 2, 1
Author
David da Silva 2
Author
Jean-Baptiste Durand 4
Mail : Site :
Author Employer institution : Institut National Polytechnique de Grenoble IdHAL : jean-baptiste-durand ORCID : https://orcid.org/0000-0001-6800-1438
Pascal Ferraro 5
Mail :
Author IdHAL : pascal-ferraro
Christian Fournier 2, 6
Author
Yann Guédon 1, 2
Mail :
Author Employer institution : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Aïda Ouangraoua 5
Mail :
Author IdHAL : aida-ouangraoua
Colin Smith 7, 8
Author
Szymon Stoma 2, 9
Author
Frédéric Théveny 10
Mail :
Author
Hervé Sinoquet 3
Mail :
Author
Christophe Godin 1, 2
Mail :
Author IdHAL : christophe-godin
1
UMR DAP - Développement et amélioration des plantes (Agro M 2 place Viala 34060 Montpellier Cedex 1 pour le Cirad TA A-108 / 03 - Avenue Agropolis - 34398 Montpellier Cedex 5 - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR96 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1098 (France)
- UM2 - Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (Place Eugène Bataillon - 34095 Montpellier cedex 5 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique (France)
2
VIRTUAL PLANTS - Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype (INRIA project-team Virtual Plants, joint with CIRAD and INRA UMR AGAP C.C. 06002 95, rue de la Galéra, 34095 Montpellier Cedex 5, France - France)
- CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (2004 route des Lucioles BP 93 06902 Sophia Antipolis - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique (France)
- UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (TA A-108 / 03 - Avenue Agropolis - 34398 Montpellier Cedex 5 France - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR108-2011 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique (France)
- Montpellier SupAgro - Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (2, place Pierre Viala - 34060 Montpellier Cedex 02 - France)
- Montpellier SupAgro - Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (2, place Viala 34060 Montpellier Cédex 2 - France)
3
PIAF - Laboratoire de Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre Fruitier et Forestier (INRA Site de Crouël 234, avenue du Brézet 63100 Clermont-Ferrand - France - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMRA547 (France)
- UBP - Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 : UMRA547 (34, avenue Carnot - BP 185 / 63006 Clermont-Ferrand cedex - France)
4
MISTIS - Modelling and Inference of Complex and Structured Stochastic Systems (Inria Grenoble - Rhône-Alpes 655 avenue de l'Europe - Montbonnot 38334 Saint Ismier Cedex - France)
- Inria Grenoble - Rhône-Alpes (Inovallée
655 avenue de l'Europe
38330 Montbonnot - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- LJK - Laboratoire Jean Kuntzmann (Bâtiment IMAG, CS 40700, F-38058 Grenoble Cedex 9 - France)
- UPMF - Université Pierre Mendès France - Grenoble 2 (BP 47 - 38040 Grenoble Cedex 9 - France)
- UJF - Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (BP 53 - 38041 Grenoble Cedex 9 - France)
- Grenoble INP - Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (46 avenue Félix Viallet 38031 Grenoble Cedex 1 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5224 (France)
- Grenoble INP - Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (46 avenue Félix Viallet 38031 Grenoble Cedex 1 - France)
5
LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (Domaine Universitaire 351, cours de la Libération 33405 Talence Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5800 (France)
- École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB) (France)
- Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (351 cours de la Libération - 33405 Talence cedex - France)
- Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2 (146 rue Léo Saignat - 33076 Bordeaux cedex - France)
6
LEPSE - Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux (Campus INRA / Montpellier SupAgro - 2, place Pierre Viala - 34060 Montpellier Cedex 2
Bat.7 IBIP - France)
- Montpellier SupAgro - Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (2, place Viala 34060 Montpellier Cédex 2 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0759 (France)
- Montpellier SupAgro - Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (2, place Pierre Viala - 34060 Montpellier Cedex 02 - France)
7
Department of Plant Sciences [Davis, CA] (United States)
- UC Davis - University of California [Davis] (One Shields Avenue, , Davis, CA 95616-5294 - United States)
- University of California (United States)
8
Architecture et Fonctionnement des Espèces Fruitières (2, place viala - 34060 Montpellier Cedex 5 - France)
9
RDP - Reproduction et développement des plantes (bat. LR5 46 Allée d'Italie 69364 LYON CEDEX 07 - France)
- ENS Lyon - École normale supérieure - Lyon (15 parvis René Descartes - BP 7000 - 69342 Lyon Cedex 07 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0879 (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5667 (France)
10
UMR AMAP - Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (Bd de la Lironde TA A-51/ PS 2 34398 Montpellier cedex 5 - France)
- IRD [France-Sud] - Institut de Recherche pour le Développement : UMR 123 (911 avenue Agropolis, BP 64501 34394 Montpellier cedex 5 - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR 51-2003 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR 931 (France)
- UM - Université de Montpellier : UMR 5120 (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR 5120 (France)
Abstract : The open source OpenAlea project's goal is to share and reuse heterogeneous models from the FSPM community. In this poster, we present our development strategy to create an open source research platform as well as some of the main components of OpenAlea.
Document type :
Conference papers
Domain :
Complete list of metadatas
https://hal.inria.fr/hal-00831824
Contributor : Christophe Godin <>
Submitted on : Friday, June 7, 2013 - 4:52:05 PM
Last modification on : Friday, July 3, 2020 - 4:48:21 PM
Document(s) archivé(s) le : Tuesday, April 4, 2017 - 6:44:18 PM
Contributor : Christophe Godin <>
Submitted on : Friday, June 7, 2013 - 4:52:05 PM
Last modification on : Friday, July 3, 2020 - 4:48:21 PM
Document(s) archivé(s) le : Tuesday, April 4, 2017 - 6:44:18 PM
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openalea-abstractfspm.pdf
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Identifiers
- HAL Id : hal-00831824, version 1
- PRODINRA : 22721
Collections
CNRS | INRIA | CIRAD | LABRI | AMAP | PIAF | ENS-LYON | RDP | LJK_PS | LJK_PS_MISTIS | LJK | PRES_CLERMONT | UGA | LABRI-MABIOVIS | INRA | AGROPOLIS | TDS-MACS | IRD | B3ESTE | UNIV-MONTPELLIER | UNIV-LYON1 | UNIV-BORDEAUX | MONTPELLIER-SUPAGRO | UDL | INRAE
Citation
Samuel Dufour-Kowalski, Christophe Pradal, Nicolas Dones, Pierre Barbier de Reuille, Frédéric Boudon, et al.. OpenAlea: An open-source platform for the integration of heterogeneous FSPM components. FSPM07 - 5th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Nov 2007, Napier, New Zealand. pp.P36:1-2. ⟨hal-00831824⟩
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