An automated image-processing pipeline for high-throughput analysis of root architecture in OpenAlea

Julien Diener; Phillipe Nacry; Christophe Périn; Anne Diévart; Xavier Draye; Frédéric Boudon; Alain Gojon; Bertrand Muller; Christophe Pradal; Christophe Godin

An automated image-processing pipeline for high-throughput analysis of root architecture in OpenAlea

Julien Diener ^{1, 2, *} Phillipe Nacry ³ Christophe Périn ² Anne Diévart ² Xavier Draye ⁴ Frédéric Boudon ^{1, 2} Alain Gojon ³ Bertrand Muller ⁵ Christophe Pradal ^{1, 2} Christophe Godin ¹

* Auteur correspondant

1 VIRTUAL PLANTS - Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype

CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée , INRA - Institut National de la Recherche Agronomique, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR51

2 UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales

3 BPMP - Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes

4 Earth and Life Institute [Louvain-La-Neuve]

5 LEPSE - Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux

Abstract : FSPM analysis of root systems requires structural data obtained on large data set. This paper describes a processing pipeline developed to extract automatically the architecture of root system from images databases.

Keywords : Root architecture Image processing Analysis pipeline High-throughput OpenAlea

Type de document :

Communication dans un congrès

Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.85-87, 2013, 〈http://www.metal.fi/fspm2013/proceedings〉

Domaine :

Informatique [cs] / Modélisation et simulation

Liste complète des métadonnées

https://hal.inria.fr/hal-00850814
Contributeur : Christophe Godin <>
Soumis le : jeudi 8 août 2013 - 17:39:40
Dernière modification le : vendredi 19 octobre 2018 - 15:22:02
Document(s) archivé(s) le : mercredi 5 avril 2017 - 20:25:48

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