An automated image-processing pipeline for high-throughput analysis of root architecture in OpenAlea

Julien Diener 1, 2, * Phillipe Nacry 3 Christophe Périn 2 Anne Diévart 2 Xavier Draye 4 Frédéric Boudon 1, 2 Alain Gojon 3 Bertrand Muller 5 Christophe Pradal 1, 2 Christophe Godin 1
* Auteur correspondant
1 VIRTUAL PLANTS - Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée , INRA - Institut National de la Recherche Agronomique, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement [CIRAD] : UMR51
2 UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
3 BPMP - Biochimie et Physiologie Moléculaire des Plantes
4 Earth and Life Institute [Louvain-La-Neuve]
5 LEPSE - Écophysiologie des Plantes sous Stress environnementaux
Abstract : FSPM analysis of root systems requires structural data obtained on large data set. This paper describes a processing pipeline developed to extract automatically the architecture of root system from images databases.
Keywords : Root architecture Image processing Analysis pipeline High-throughput OpenAlea
Type de document :
Communication dans un congrès
Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.85-87, 2013, 〈http://www.metal.fi/fspm2013/proceedings〉
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Contributeur : Christophe Godin <>
Soumis le : jeudi 8 août 2013 - 17:39:40
Dernière modification le : jeudi 19 juillet 2018 - 12:18:04
Document(s) archivé(s) le : mercredi 5 avril 2017 - 20:25:48

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Citation

Julien Diener, Phillipe Nacry, Christophe Périn, Anne Diévart, Xavier Draye, et al.. An automated image-processing pipeline for high-throughput analysis of root architecture in OpenAlea. Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.85-87, 2013, 〈http://www.metal.fi/fspm2013/proceedings〉. 〈hal-00850814〉

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