Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach

Cedric Chauve 1, * Yann Ponty 2, 3, 4, * João Paulo Pereira Zanetti 5, 6
* Auteur correspondant
1 Department of Mathematics [Burnaby]
2 LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau]
3 AMIB - Algorithms and Models for Integrative Biology
CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR8623, X - École polytechnique, Inria Saclay - Ile de France, UP11 - Université Paris-Sud - Paris 11, LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique, LIX - Laboratoire d'informatique de l'École polytechnique [Palaiseau]
4 PIMS SFU - Pacific institute for the Mathematical Science (SFU)
5 UNICAMP - Institute of Computing [Campinas]
6 Sao Paulo Research Foundation
Abstract : We consider a recently introduced dynamic programming scheme to compute parsimonious evolutionary scenarios for gene adjacencies. We extend this scheme to sample evolutionary scenarios from the whole solution space under the Boltzmann distribution. We apply our algorithms to a dataset of mammalian gene trees and adjacencies, and observe a significant reduction of the number of syntenic inconsistencies observed in the resulting ancestral gene adjacencies.
Keywords : Phylogenies Reconciliation Syntheny Boltzmann Ensemble Dynamic Programming
Type de document :
Communication dans un congrès
Sergio Campos. BSB - Brazilian Symposium on Bioinformatics - 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. Springer, LNCS, 8826, pp.49--56, 2014, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 〈10.1007/978-3-319-12418-6〉
Liste complète des métadonnées
https://hal.inria.fr/hal-01056140
Contributeur : Yann Ponty <>
Soumis le : mardi 19 août 2014 - 23:22:28
Dernière modification le : jeudi 10 mai 2018 - 02:06:39
Document(s) archivé(s) le : mardi 11 avril 2017 - 19:59:55

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Cedric Chauve, Yann Ponty, João Paulo Pereira Zanetti. Evolution of genes neighborhood within reconciled phylogenies: an ensemble approach. Sergio Campos. BSB - Brazilian Symposium on Bioinformatics - 2014, Oct 2014, Belo Horizonte, Brazil. Springer, LNCS, 8826, pp.49--56, 2014, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. 〈10.1007/978-3-319-12418-6〉. 〈hal-01056140v2〉

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